Đây là bệnh bẩm sinh xuất hiện trong thời kỳ mang thai của của mẹ (6-8 tuần đầu của thời kỳ bào thai) do các yếu tố nguy cơ như: di truyền , ảnh hưởng của các yếu tố môi trường (hóa chất , rượu, thuốc lá, thuốc phiện …) hoặc bà mẹ mắc một số bệnh trong thời kỳ đầu mang thai (cúm, sốt cao…). Bệnh gây ảnh hưởng nhiều đến thẩm mỹ và chức năng nuốt, nhai và phát âm của bệnh nhân đồng thời cần phải có quá trình điều trị lâu dài và toàn diện cho trẻ từ khi mới sinh đến khi trưởng thành

Sau khi sinh, do có khe hở ở vòm miệng và xương hàm tạo sự thông thương giữa hốc miệng và hốc mũi nên trẻ sẽ gặp khó khăn trong nuôi dưỡng (thường hay sặc trong quá trình bú sữa). Lúc này các bác sĩ sẽ lấy dấu vòm miệng để làm máng bịt vùng hở, ngăn không cho sữa và thức ăn lạc vào đường thở đồng thời chỉnh sửa một phần cung hàm giúp cho phẫu thuật khe hở vòm miệng sau này được dễ dàng hơn.

   Phẫu thuật đóng kín khe hở môi được tiến hành lúc trẻ từ sáu tháng tuổi trở lên, cân nặng đạt xấp xỉ 10kg. Sau đó phẫu thuật đóng kín vòm miệng được thực hiện khi trẻ được 1,5 đến hai tuổi. Phẫu thuật đóng kín khe hở là bước điều trị cơ bản đầu tiên trong toàn bộ quá trình điều trị cho trẻ bị khe hở môi và vòm miệng. Sau phẫu thuật, trẻ cần phải được khám để luyện phát âm. Đối với trẻ mắc bệnh khe hở môi-vòm miệng thì luyện phát âm là một vấn đề  rất quan trọng vì nó ảnh hưởng lớn đến đời sống giao tiếp của trẻ sau này. Đồng thời trẻ cần được khám định kỳ 6 tháng/lần để phát hiện và điều trị răng sâu.

  Quá trình phát triển xương hàm trên và xương hàm dưới ở trẻ bị khe hở môi –vòm miệng không giống với các trẻ bình thường và cần được bác sĩ chuyên khoa Nắn chỉnh Răng Hàm theo dõi. Khuôn mặt điển hình của tré mắc bệnh khe hở môi – vòm miệng là kém phát triển xương hàm trên, vẩu xương hàm dưới, tầng mặt giữa lép, răng cửa trên nằm ở phía trong răng cửa dưới (cắn ngược), xoay răng…Tất cả những triệu chứng đó cần được các bác sĩ nắn chỉnh răng khám và điều trị sớm ngay từ khi mới mọc răng vĩnh viễn. Quá trình nắn chỉnh hàm và răng sẽ được kéo dài tới khi trẻ trưởng thành. Cùng trong thời gian này các bác sĩ nắn chỉnh răng sẽ phối hợp cùng các bác sĩ phẫu thuật thẩm mỹ để ghép xương và tạo dựng lại khuôn mặt hài hòa nhất cho bệnh nhân.

    Tóm lại, làm máng bịt, phẫu thuật đóng kín khe hở, luyện phát âm, điều trị chỉnh hình răng mặt, phẫu thuật ghép xương và phẫu thuật thẩm mỹ là các bước điều trị nằm trong quy trình điều trị hoàn chỉnh một trẻ bị khe hở môi-vòm miệng từ lúc mới sinh cho đến lúc trưởng thành. Quy trình điều trị này nếu được thực hiện đúng và đủ hoàn toàn có thể mang lại cho bệnh nhân một khuôn mặt bình thường, hàm răng đều đặn, cung hàm không bị bóp méo và bệnh nhân có thể phát âm như những trẻ bình thường khác. Hiện nay phương pháp điều trị này đã và đang được áp dụng thành công tại Việt Nam bởi một số chuyên gia có kinh nghiệm và đã giúp cho hàng ngàn bệnh nhân có một cuộc sống  bình thường và làm thay đổi số phận của những người mà xưa nay dân gian vẫn coi là những dị tật nặng nề.